Según informó Defensa, las relaciones bilaterales son estrechas desde el Acuerdo de Cooperación firmado en 2006, por el que, a propuesta de El Salvador, España entró a formar parte de la Conferencia de las Fuerzas Armadas Centroamericanas en calidad de observador.

Además, desde 2008 las Fuerzas Armadas salvadoreñas participan en la misión de la ONU en el Líbano, con un contingente de 52 militares integrados en la brigada española.

El Salvador también desea adiestrar a su personal en la Unidad Militar de Emergencias española (UME). Por otra parte, uno de los diez equipos de Telemedicina de los que disponen las Fuerzas Armadas españolas está actualmente desplegado en el Hospital Militar de San Salvador.

Desde 1988, El Salvador está acogido al programa español de Cooperación en Materia de Enseñanza Militar, por el que se le han concedido 28 becas hasta el presente curso.

Oficiales salvadoreños han participado en todas las ediciones del Curso de Altos Estudios para Oficiales Superiores Iberoamericanos, y para el curso 2013/14 se les ha asignado una plaza en el curso de Estado Mayor de la Escuela Superior de las Fuerzas Armadas española (Esfas).