Los primeros proyectos sanitarios y envíos de medicamentos de esta ONG fueron a Malí, país que en la actualidad está sumido en una grave crisis interna y en la cual la organización humanitaria sigue trabajando.

La ONG se ha especializado en estos años en ayuda humanitaria en el área de la salud, concretamente en el campo farmacéutico, desde el que realiza actividades de suministro, asesoramiento, investigación y gestión de productos de farmacia y ejecuta proyectos de cooperación al desarrollo en países desfavorecidos.

Gracias al apoyo estable de cerca de 30 organizaciones socias en los distintos países, Farmamundi ha llevado a cabo en estas dos décadas más de 200 programas de salud integral realizados, sobre todo, en Centroamérica y África.

Así, sus principales líneas estratégicas han sido trabajar por el acceso, la calidad y uso racional del medicamento; la atención primaria en salud; la salud sexual y reproductiva; la atención materno infantil, la formación del personal sanitario, el impulso de la medicina natural, y el aseguramiento del agua y el saneamiento básico.

República Dominicana, Malí, Uganda, Kenia, República Democrática del Congo, Siria o Palestina son algunos de los países en los cuales trabaja la ONG.