En el texto de la inteligencia militar, remitido al Gobierno, se alertaba de los efectos perniciosos que la detención de los dos piratas podría tener en las negociaciones para liberar el "Alakrana".

El informe, según informaciones de la Cadena Ser recogidas por Servimedia, fue elaborado a mediodía del sábado 3 de octubre, 10 horas antes de la detención de los dos presuntos piratas, y remitido esa misma tarde al Estado Mayor de la Defensa.

Dicho informe, según indicaron a Servimedia fuentes conocedoras del mismo, consta de una sola hoja y su contenido está clasificado con el sello de "confidencial".

El documento desaconsejaba la operación aduciendo que los piratas podrían reaccionar elevando la tensión y por tanto perjudicar las negociaciones. El informe no descartaba que los piratas pudieran incluso tomar represalias contra la tripulación.

En el informe se afirma también que los dos hombres que fueros avistados en el esquife podrían no ser verdaderos ejecutores del secuestro del "Alakrana", sino "colaboradores" de los piratas en el avistamiento de buques.

La operación para detener a los piratas que habían abandonado el pesquero comenzó en la noche del sábado 3 de octubre y se prolongó hasta la madrugada del domingo 4.