Paralelamente, la Junta está tramitando el proyecto de decreto para declarar Zonas Especiales de Conservación de la Red Ecológica Natura 2000 aquellos Lugares de Importancia Comunitaria coincidentes con determinados Espacios Naturales que, como Doñana, también son Parques Nacionales o Naturales. La aprobación de este borrador de decreto reforzará la presencia internacional de Doñana integrándola en la RED Ecológica Europea Natura 2000.

Durante el periodo 2004-2008, Doñana ha acogido una media de 89 investigaciones anuales con la participación de 164 instituciones. Así, durante la última década se están publicando anualmente unos 75 artículos científicos con los resultados de las investigaciones realizadas en el Espacio Natural y su entorno, además de divulgar los resultados en publicaciones de congresos y conferencias (unas 60 presentaciones al año en la última década).