La fiscal encargada del caso, Ana Noé, acusa a Morcillo de un delito de asesinato en concepto de cómplice y pide para ella un total de 23 años y cuatro meses de prisión. La representante del Ministerio Público ofrece la alternativa de que la acusada sea condenada a diez años de cárcel por un delito de colaboración con organización terrorista.

Morcillo está acusada de refugiar en su casa de Andoain (Guipúzcoa) a los miembros del "comando Donosti" de ETA que el 6 de febrero de 1996 asesinaron en San Sebastián al dirigente socialista Fernando Múgica.

Los etarras que componían este comando y que se refugiaron en casa de Gracia Morcillo fueron el ex jefe militar de ETA Javier García Gaztelu, alias "Txapote"; Irantzu Gallastegui Sodupe, alias "Amaia", y Valentín Lasarte Oliden.

Según la fiscal, además de alojarles en su casa antes y después del atentado, Morcillo curó las heridas que “Txapote” sufrió en un enfrentamiento a tiros con la Ertzaintza en la localidad de Lasarte cuando huían de la escena del crimen.

Según se recoge en su escrito de acusación, la fiscal Noé considera que Morcillo “era conocedora de la acción perpetrada por los miembros del comando”.

Morcillo, nacida en San Sebastián el 15 de marzo de 1967 y médico de profesión, fue detenida por la policía francesa en enero de 2006 en la localidad de Saintes, donde la presunta terrorista se encontraba junto al etarra Asier Quintana Zorrozua.

Está relacionada con el aparato logístico de la banda terrorista y fue entregada de forma definitiva en noviembre de 2008 por las autoridades francesas en virtud de las causas por las que está reclamada en la Audiencia Nacional.