El ministerio que dirige el catedrático catalan Manuel Castells tiene adscritos la Conferencia General de Política Universitaria, el Consejo de Universidades y el Consejo de Estudiantes Universitario del Estado. Además, de él depende la Secretaría General de Universidades y la Secretaría General Técnica.

Después de las críticas de rectores, investigadores y científicos, por la separación de las ramas de ciencia, innovación y universidades, que en la pasada legislatura estuvieron dirigdas por el ministro Pedro Duque, el nuevo Gobierno anunció que crearía en estos meses un órgano de coordinación para facilitar el entendimiento entre los ministerios de Castells y Duque.

Con el texto publicado este jueves en el BOE se suspenden órganos con nivel de subdirección general, como la Subdirección General de Ordenación, Seguimiento y Gestión de las Enseñanzas Universitarias; la Subdirección General de Títulos y la Subdirección General de Formación del Profesorado Universitario, Programación y Atención al Estudiante, cuyas funciones quedarían cubiertas, según el decreto publicado. El BOE también hace referencia a la coordinación entre Universidades y el Ministerio de Educación y FP en materia de becas.