Durante el turno de las defensas, el abogado de Junqueras y Romeva intentó demostrar las supuestas irregularidades de la investigación, como que la investigación por el delito de sedición fue previa a la calificación de los hechos por parte de la Fiscalía de la Audiencia Nacional. En un intenso interrogatorio, el presidente del tribunal, Manuel Marchena, le llegó a decir: “No se enfade, señor letrado”, “no se irrite”.

En repetidas ocasiones, Van den Eynde le preguntó a Baena sobre los atestados que motivaron la incoación de diligencias por parte de la Audiencia Nacional. “Esos atestados se hacen a raíz de las indicaciones recibidas del fiscal superior para investigar el proceso independentista de Cataluña; obtenemos indicios sobre posible desarrollo de estructuras de Estado, utilización de la capacidad estatutaria”, y “a raíz de eso hacemos un informe que presentamos en la Fiscalía de la Audiencia Nacional”.

“¿Esta orden fue escrita y previa al atestado?”, preguntó el letrado. El teniente coronel explicó entonces que la orden del fiscal iba dirigida a los tres cuerpos policiales ante los anuncios del proceso independentista. “El fiscal nos abre la puerta para que investiguemos el posible uso de dinero público para estructuras de Estado, para que Cataluña fuera independiente”, aseguró. En este sentido, agregó, “era una investigación eminentemente económica, vemos para qué se está utilizando el dinero público; de primera no vamos buscando sediciosos por ahí. Fue el resultado de la investigación final cuando se convirtió en un delito de sedición”.

Sobre esto, el abogado insistió en pedir al testigo que explicase las investigaciones que se habían hecho hasta ese momento. “Las reflejadas en el escrito, no lo recuerdo; hacemos un análisis de las contrataciones, con ese primer estudio, son diligencias previas, se lo pasamos al fiscal y nos dice aquello; de lo que ponga el fiscal yo no soy responsable”, afirmó en relación a la orden de la Fiscalía. Asimismo, explicó que lo que hicieron fue analizar noticias de dominio público entre 2012 y 2016 “para ver si hay algún tipo de indicio delictivo”.

“¿Cuál es el elemento concreto que les hace pensar que el Gobierno de la Generalitat quisiera desbordar el marco autonómico?”, insistió. “Investigamos si pudiera rebasar o rebasa el marco constitucional; tenemos información de que a través de los contratos marco se puede estar invirtiendo para el desarrollo de estructuras de Estado”, expresó, para después afirmar, como hizo en varias ocasiones durante su declaración, que “nosotros no investigamos a partir de declaraciones políticas”. “Las personas investigadas no están por lo que dicen o por lo que piensan, sino por hechos que creemos que pueden ser delictivos”, subrayó.

El abogado trató de aflorar posibles irregularidades en la investigación del `procés´ durante todo el interrogatorio. Así, intentó hacer incurrir en contradicción al teniente coronel responsable de las pesquisas y destacó, por ejemplo, la multiplicidad de causas penales y preguntó al testigo por qué no informó a los fiscales y jueces de las investigaciones que llevaba a cabo en las otras causas. "Las diligencias eran secretas para preservar la información y duraron hasta que la Fiscalía lo derivó al Juzgado de Instrucción 13 de Barcelona", explicó.

El jefe de la Guardia Civil defendió durante varias horas la legalidad y rectitud de las investigaciones, pero se enzarzó en alguna que otra ocasión con el letrado. Por ejemplo, cuando Van den Eynde intentó desacreditar la legalidad de las escuchas telefónicas, para las que, según dijo, se pidió autorización al fiscal. Baena defendió que todas las actuaciones se realizaron de acuerdo con la legalidad y con control judicial: “Las intervenciones telefónicas las solicito al juez, no al fiscal, que no las puede autorizar. Yo no pido intervención telefónica a un fiscal, nunca, nunca, nunca. Un fiscal no puede autorizar una intervención telefónica, yo se la pido al juez”.

El abogado insistió una vez más en preguntar sobre el momento en que el juez le pidió que investigara el `procés´. "A mí el juez nunca me ordenó investigar el `procés´, me ordenó investigar a unas personas en relación al uso de fondos públicos para un fin ilícito. (…) Investigamos a personas que hacen cosas", remachó.