Falciani fue detenido en territorio español el 1 de julio de 2012 en Barcelona como consecuencia de una orden de extradición emitida por Suiza en 2009. Sin embargo, la Audiencia Nacional aceptó la petición de la Fiscalía y rechazó extraditarle en mayo de 2013, al entender que su conducta había consistido en denunciar "actividades sospechosas de ilegalidad" que no debían ser objeto de protección.

Pese a ello, Suiza condenó a Falciani en noviembre de 2015 a cuatro años y 195 días de cárcel por espionaje económico con agravantes, al entender que el informático había cometido un delito contra el Estado.

La condena ya es firme, por lo que las autoridades suizas emitieron una nueva orden internacional contra él, que fue renovada en mayo de 2017. La orden entró en el sistema español que coordina estos asuntos el 19 de marzo de 2018 y días después, el 4 de abril, fue detenido en Madrid cuando se disponía a dar una conferencia. En la vista que ha durado alrededor de 15 minutos, Falciani se ha opuesto a su extradición ha explicado que su actuación ha permitido a 28 países identificar a cerca de 30.000 defraudadores (652 de ellos españoles) y recuperar parte del dinero evadido.

A su salida de la Audiencia, Falciani dijo a los periodistas que los datos que entregó ha dado la oportunidad varios países de investigar a posibles evasores a lo largo de los últimos cinco años. Citó que países como Francia han logrado recuperar 300 millones de euros de la banca implicada a cambio “de no proceder a una investigación”.

En esa misma línea, dijo, el cantón de Ginebra llegó a acuerdos por varios millones de euros para que se dejara de investigar en varios países que pudieron judicializar este asunto “gracias a la justicia española" y la Fiscalía Anticorrupción.

El exinformático entiende que es necesario defender los intereses económicos de España y proceder contra los defraudadores, ya que es la información que él aportó la que permitirá que la actuación de los evasores tenga consecuencias.

Como en la primera ocasión en la que fue detenido, la Fiscalía sostiene que los hechos por los que se reclama Falciani no son constitutivos delito, sino que van dirigidos a denunciar irregularidades.

Además, el ministerio público se opone a su entrega al considerar que el motivo por el que se le reclama es cosa ya juzgada en 2013, cuando se denegó por primera vez su extradición. Asimismo, explicó la fiscal Teresa Sandoval, los datos que Falciani extrajo de la entidad bancaria se ofrecieron exclusivamente a instituciones y no a particulares.

La Fiscalía de la Audiencia Nacional pidió que Falciani entrase en prisión provisional hasta que se resolviera la extradición, pero el juez instructor, Diego de Egea le puso en libertad con la prohibición de no abandonar sin permiso su localidad de residencia. El 28 de mayo, tras una nueva declaración ante el juez, se levantó ésta medida cautelar.