A juicio de Markiegui, el hecho de que 5 de los 12 magistrados del tribunal hayan expresado votos particulares indica que la legislación antiterrorista se encuentra al límite a pesar de estar dentro de la Constitución

Markiegui manifestó que "los votos particulares dicen que hay razones importantes para considerarlo inconstitucional. Yo acato la sentencia, me hubiera gustado que hubiese sido otro el sesgo conjunto de la sentencia". A su juicio, sería oportuno derogar la Ley de Enjuiciamiento Criminal.

El parlamentario del Grupo Mixto agregó que ha quedado demostrado que "aquella modificación del Enjuiciamiento Criminal estaba en el límite que permitía la Constitución y siempre en el sentido de coartar las librtades".

Markiegui fue uno de los promotores de la iniciativa que provocó que el Parlamento vasco plantease la inconstitucionalidad de la Ley de Enjuiciamiento Criminal, por incorporar parte de la legislación antiterrorista.

El Tribunal Constitucional ha declarado contrario a derecho el precepto que suspende la excarcelación de presuntos terroristas cuando el fiscal recurre la decisión del juez. La última ocasión en que se aplicó este precepto fue en el caso del abogado de HB Txemi Gorostiza, acuado de ser un intermediario de ETA.