Para el PNV, la gestación del proyecto de ley ha sido "profundamente antidemocrática", puesto que considera que "no se han realizado las consultas y audiencias imprescindibles para tener en cuenta el punto de vista de los destinatarios de la norma proyectada".

En segundo lugar, los nacionalistas vascos creen que abundan los contenidos inconstitucionales respecto al régimen constitcional de reparto competencial entre poderes públicos, con un resultado de "regresión autonómica", ya que creen que "muchos de los contenidos en los que se asignan capacidades a la Administración del Estado invaden las competencias constitucionalmente asignadas a las comunidades autónomas".

Por último el PNV alega que hay una inadecuación de la opción legislativa, puesto que "no se atiende" a las necesidades de un nuevo modelo de universidad y a la integración del sistema universitario en el Estado euopeo de educación superior.

El PNV considera que esto es así puesto que "las expectativas del espacio europeo quedan a espaldas de este proyecto, porque potencia los títulos de carácter oficial y validez en todo el territorio nacional, y porque la autonomía universitaria se reduce en aspectos fundamentales académicos, sociales y de gestión, atribuyendo al gobierno estatal decisiones de incidencia definitiva en dichos ámbitos universitarios".

Además, en la formación vasca se piensa que no hay prevsión que garantice los derechos constitucionales de los miembros de las comunidades universitarias de comunidades autónomas con dos lenguas oficiales, debiendo tener en cuenta la realidad pluricultural y plirilingüe del Estado español.

Iniciativa per Catalunya-Verds ha presentado, por su parte, otra "enmienda a la totalidad" al texto legislativo, ya que creen que todo el proyecto de ley "está impregnado de un centralismo decimonónico, en sus peores versiones, y de desconfianza para las universidades pblicas, lesionando las competencias de las comunidades autónomas".

Además, para IC, la propuesta gubernamental "retorna a modelos antiguos de selección del profesorado; reduce los requisitos de habilitación de profesores de universidades privadas; carece de capacidad de modificación por la falta de financiación; desatiende el marco europeo de enseñanza superior; el Consejo Social pasa a ser un consejo de gobierno paralelo compuesto por personas ajenas al mundo académico, y la elección del rector por sfragio universal ponderado revela la debilidad democrática del proyecto de ley.".