El órgano consultivo del Estado refutó las principales críticas de la oposición y los rectores tanto al contenido del texto como al proceso seguido por el Ejecutivo para su tramitación.

El dictamen sostiene que el anteproyecto respeta la autonomía universitaria y las competencias autonómicas y no contraviene ninguna norma en la regulación que plantea de aspectos que han sido muy controvertidos, como la selección del profesorado, la composición de los consejos socales o la convocatoria de un proceso electoral de nuevos claustros y rectores. El consejo también cree que el texto se ha debatido de manera suficiente con los principales colectivos afectados.

Acerca de la conveniencia de esta nueva ley, el Consejo de Estado considera "suficientemente justificada la oportunidad de aprobar una nueva regulación sobre la materia" que sustituya al antiguo texto de 1983, algo en lo que coinciden otros sectores sociales.

Con respecto a la autonomía universitaria, el iforme del Consejo de Estado reconoce que dicha autonomía "se encuentra explícitamente reconocida en el artículo 2.2 del anteproyecto, de manera que, con carácter general, no puede considerarse -frente a lo afirmado en alguna ocasión durante la tramitación del anteproyecto- que éste infrinja el derecho a la autonomía universitaria".

En cuanto al reparto competencial entre el Estado y las comunidades autónomas, estima "acertada" la cita a los títulos competenciales en que se ampara el anteproyecto. Adems, según el Consejo, "tampoco merece objeción el anteproyecto desde la óptica del respeto a las competencias de las comunidades autónomas, profusamente citadas a lo largo del texto".

Respecto a las universidades privadas, el Consejo de Estado constata la insuficiencia de la actual regulación y cree que "la referencia explícita a la personalidad jurídica de las universidades privadas no merece en principio objeción".

El Consejo de Estado considera también que es jurídicamente correcta la elección e nuevos claustros y rectores y plantea la hipótesis de sustituir el proceso constituyente por una mera adaptación de los estatutos. Del mismo modo, pide mayor atención en el articulado del anteproyecto a las enseñanzas virtuales y a distancia.

El dictamen emitido por el Consejo de Estado responde a una solicitud del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte, que entendió que, aun no siendo obligatoria en este caso la remisión del anteproyecto de Ley de Universidades al Consejo de Estado, era conveninte recabar su opinión.