En opinión del tribunal, las alegaciones del Gobierno español son erróneas, ya que el Consejo de la UE utilizó la base jurídica apropiada para ratificar el convenio, es decir, el antiguo artículo 130S apartado 1 del Tratado CE, puesto que su finaliad principal era la protección del medio ambiente. En sus alegaciones de defensa, el Consejo ha sido apoyado por Francia, Portugal, Finlandia y la Comisión Europea.

En febrero de 1998, España interpuso un recurso de anulación contra la decisión del Consejo respecto al convenio sobre la cooperación para la protección y el uso sostenible del Danubio. El argumento principal de España era que el convenio se había firmado tomando como base un fundamento jurídico erróneo, ya que, en su opinión, el acuerdo tnía como finalidad principal la gestión de los recursos hídricos, y no la protección del medio ambiente. Esta diferencia reviste una importancia vital, ya que el carácter del convenio determina que el Consejo tenga que tomar la decisión por unanimidad o por mayoría cualificada.

En efecto, el apartado 1 del artículo 130S del Tratado (actualmente, artículo 175) preveía que el Consejo decidiría por mayoría cualificada las acciones que tuvieran como objetivos la conservación, la protección y la mejora de a calidad del medio ambiente, la protección de la salud de las personas o la utilización prudente y racional de los recursos naturales.

Sin embargo, desde el momento en que las medidas se refirieran a la ordenación territorial o a la gestión de los recursos hídricos, el Consejo tendría que decidir por unanimidad basándose en el segundo apartado del mismo artículo, ya que se considera que estas medidas se inmiscuyen en un importante ámbito competencial de los Estados miembros. El Consejo estimó que el onvenio sobre el Danubio tenía como "finalidad principal" la protección del medio ambiente, por lo que adoptó la decisión por mayoría cualificada.