Estas organizaciones consideran que el protocolo no elimina totalmente el riesgo para la salud pública que, aseguran, constituyen los organismo modificados genéticamente, aunque reconocen que supone "un paso adelante respecto a la situación previa".

Según los sindicatos CCOO y UGT, las asociaciones agrarias COAG y UPA, las organizaciones conservacionistas Amigos de la Tierra y Ecologistas en Acción, la confederación de consumidores CECU y las ONGs Vida Sana, ACSUR-Las Segovias y la Platforma Rural, el acuerdo alcanzado en Montreal no asegura que las consideraciones sobre biodiversidad y seguridad alimentaria prevalezcan siempre sobre las normas que dicta la Organización Mundial del Comercio (OCM).

Asimismo, critican que el acuerdo se refiera exclusivamente a los organismos transgénicos vivos, dejando al margen los productos derivados, entre ellos los piensos que contengan organismos modificacos.

También destacan que el protocolo no obliga a un etiquetado exhaustivo para estos poductos y consideran que no facilita la posibilidad de veto a los países a los que se exporten.

Finalmente, las organizaciones sociales creen que el protocolo tardará demasiado tiempo en entrar en vigor, ya que lo hará como muy pronto en el 2002.