El centro, que tendrá su sede en un edificio histórico de la Plaza de Banderas de los Reales Alcázares deSevilla, ha sido creado por el Ministerio de Medio Ambiente y forma parte de las actuaciones incluidas en la estrategia española para la conservación y el uso sostenible de la diversidad biológica.

La fundación es una institución sin ánimo de lucro que va a permitir, facilitando ingresos adicionales, el desarrollo de diversos programas internacionales relacionados con la diversidad biológica.

El Ministerio de Medio Ambiente ha aportado 230 millones de pesetas y la fundación otra cantidad similar,con lo que en conjunto se dispondrá de 460 millones de pesetas para apoyar las actividades del Centro de Biodiversidad.

Los principales programas que acogerá el centro durante 1999 son: la iniciativa BIOTRADE, el centro de formación CITES, la participación del Ministerio de Medio Ambiente en el Programa Araucaria, el foro sobre conocimientos tradicionales de comunidades indígenas, la Estrategia Española de Biodiversidad y las actividades del programa MAB.