El Supremo asume la competencia para juzgar a Barrios Martín por su condición de aforado y en virtud del Régimen Foral de Navarra, que establece que los miembros de su parlamento serán juzgados por el Alto Tribunal cuando los hechos que se les imputan ocurran fuera del ámbito territorial de Navarra.

Así, el Supremo juzgará a Barrios Martín por atentado frustrado contra la ex alcaldesa de Sevilla Soledad Becerril, por el intento de secuestro y asesinato de José Luis Pezzi, concejal del PP en Nerja (Málga) y por el atentado perpetrado por el "comando Andalucía" en la línea del AVE Madrid-Sevilla.

Barrios Martín fue condenado por la Audiencia Nacional a 60 años de prisión y a inhabilitación absoluta para ejercer cualquier cargo en el tiempo que dure la condena, por el asesinato del concejal sevillano del PP Alberto Jiménez Becerril y su esposa, en enero de 1998.