La Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI) que venía haciendo aportaciones al programa ONUSIDA entre los años 1996 y 1999, dejó de hacerlas para emprender acciones de prevención y formación de recursos humanos en solitario.

En los tres años citados la aportación de la Agencia a ONUSIDA fue de 157 millones de pesetas. A partir de ese momento se dedicó a financiar cursos anuales de prevención del sida y de las enfermedades de transmisión sexual un total de 62 millones de pesets. Desde 1995, se destinaron a este programa unos 190 millones de pesetas en la realización de 13 cursos a los que asistieron 238 alumnos.

Entre los años 1996 y 2001 se destinaron 239 millones de pesetas a distintos Planes de Actuaciones Conjuntas dentro del Programa de Salud en Iberoamérica que se suscribieron en 1992.

Además, España destinó a distintos proyectos de lucha contra el sida realizados a través de distintas ONG en Honduras, Panamá, Nicaragua, República Dominicana y Tanzania un total e 342 millones de pesetas, que completan las partidas de cooperación en la lucha contra esta enfermedad.