El Consejo, órgano de participación y asesoramiento en las tareas de la Agencia, está compuesto por nueve miembros. A propuesta del Congreso de los Diputados ha sido designada la diputada del PP Carmen Matdor de Matos y por parte del Senado, el senador socialista Félix Lavilla Martínez.

La Federación Española de Municipios y Provincias estará representada por Gonzalo Brun Brun; por la Real Academia de la Historia Eloy Benito Ruano; en representación de la Administración Central estará el catedrático de Derecho, José Luis Piñar; y por el Consejo Superior de Universidades, Antonio Pérez Prado.

Del Consejo Superior de Cámaras Oficiales de Comercio, Industria y Navegación, Belén Veleiro Reboredo, y Anonio Troncoso por parte de la Agencia de la Comunidad Autónoma de Madrid. Además, también formará parte del Consejo Consultivo, como representante del Consejo de Consumidores y Usuarios, Alejandro Perales Albert.

El director de la Academia debe ser designado, a tenor de lo previsto en el Estatuto Orgánico, por el Gobierno mediante Real Decreto, a propuesta del Ministerio de Justicia, de entre los miembros del Consejo Consultivo para un periodo de cuatro años.