El CLAEX tiene una dependencia orgánica del Mando Aéreo General y operativa del Mando de Apoyo Logístico. Además, depende del Mando Aéreo de Combate a efectos de preparación de la Fuerza y cuando por sus capacidades puedan actuar como unidades de combate o apoyo al combate.

Entre sus labores están las pruebas de vuelo, los ensayos de certificación, la integración de subsistemas, el desarrollo de software aeronáutico, las recepciones de sistemas de armas, el apoyo software a la guerra electrónica y el centro logístico de armamento.