El CLAEX tiene una dependencia orgánica del Mando Aéreo General y operativa del Mando de Apoyo Logístico. Además, depende del Mando Aéreo de Combate a efectos de preparación de la fuerza y cuando por sus capacidades pueda actuar como unidad de combate o apoyo al combate.

Entre sus labores están las pruebas de vuelvo, los ensayos de certificación, la integración de subsistemas, el desarrollo de "software" aeronáutico, las recepciones de sistemas de armas, el apoyo "software" a la guerra electrónica, el centro logístico de armamento, la desactivación de explosivos militares en el Ejército del Aire y la cooperación con el Inta e industrias de defensa.