Desde que ocupa este cargo en el alto tribunal andaluz, el juez ha tenido que enfrentarse con varios casos difíciles, entre los que destacan el de Juan Guerra, hermano del vicepresidente del Gobierno, el fraude al Plan de Empleo Rural (PER) y la puesta en marcha de la Ley de Demarcación y Planta Judicial.

Las personas que trabajan con él afirman que su labor "ardua y compleja" le ha provocado su actual situación de agotamiento. Sus compañerosseñalaron que la pasada semana Márquez Aranda soportó grandes tensiones y muchas horas de trabajo, ya que, además de sus tareas habituales, realizó varios viajes y asistió a las Jornadas de Derecho Comunitario que se celebraron en Granada.

Su baja laboral se produce en un momento de rumores sobre su posible nombramiento como futuro ministro de Justicia, en sustitución del actual, Enrique Múgica. Los jueces y magistrados del Tribunal Superior están cada vez más convencidos de que el próximo titular de a cartera de Justicia será él.

Provisionalmente le sustituye José Sánchez, presidente de la Diputación Provincial de Granada y cabeza de lista en Granada para las próximas elecciones municipales por Unidad Granadina.