En uno de sus mítines de campaña, Baltar llamó "maricón" al consejero de Medio Ambiente de la Xunta, Pachi Vázquez. Una actuación que obligó al líder popular, Alberto Núñez Feijóo, a pedir disculpas.

Se le atribuyen, entre otras cosas, sus manejos con la compra de acciones de una sociedad deportiva de la que era presidente, al tiempo que presidía la Diputación.

Además, y durante la campaña, han salido a la luz ciertas operaciones económicas realizadas por su hijo, José Manuel Baltar, cuando presidía otra sociedad deportiva siendo su padre presidente de la Diputación.