El PP ha esgrimido dos razones para defender su postura: su discrepancia con algunos puntos del acuerdo relativos a cuestiones tributarias y el respeto a sus pactos con Unión del Pueblo Navarro (UPN), formaión política que considera que el órgano permanente de cooperación es un primer paso para la asimilación de Navarra por el País Vasco.

El secretario general de los populares vascos, Carlos Iturgaiz, manifestó hoy que "primero tenemos un pacto con UPN y los pactos están para cumplirlos. Los demás partidos tienen que entender que los pactos se respetan y en esa línea nosotros vamos a votar en consecuencia con lo que UPN ha dicho en el Parlamento de Navara".

Carlos Iturgaiz considera que con el órgao permanente de cooperación el Gobierno vasco se inmiscuye en materias tributarias que son competencias de las diputaciones.