Esta ONGtrasladó hace ocho meses ante el Defensor del Pueblo una queja contra el Ministerio de Medio Ambiente al aprobar el PHN sin una adecuada evaluación de sus repercusiones sobre la Red Natura 2000, incumpliendo de esta forma la Directiva de Hábitats (92/43/CEE) y el Real Decreto 1997/1995.

El PHN incluye la realización de unas 1.000 obras hidráulicas, que hace peligrar los lugares protegidos, al ser parcialmente anegados por embalses o recrecimientos de embalses, atravesados por trasvases, por el encauzaiento de los ríos o la construcción de desaladoras, entre otros.

Ecologistas en Acción denuncia que, pasados ocho meses de la primera queja, el Ministerio continúa sin facilitar la información requerida por el Defensor del Pueblo. Además, actualmente el Ministerio pretende que el PHN no es un "plan" y que por tanto no es necesario realizar la evaluación establecida en la normativa comunitaria y española.