La directiva abarcará tres tipos de instalaciones: las instalaciones autorizadas antes del 1 de julio de 1987, las autorizadas con posterioridad a esta fecha y antes de la entrada en vigor de la norma, y las nuevas instalaciones autorizadas con posterioridad a su entrada en vigor.

La Eurocámara solicita incluir en el ámbito de aplicación de la directiva las emisiones procedentes del transporte por mar y aire y las turbinas de gas. Asimismo, recalca que el titlar de una instalación deberá comprometerse en una declaración por escrito a no hacer funcionar la instalación durante más de 20.000 horas a partir del 1 de enero de 2008. Una de las enmiendas añade que esas horas deben ser "operativas" a partir del 1 de enero de 2008 y hasta, a más tardar, el 31 de diciembre de 2012.

Los eurodiputados han manifestado su oposición a las exenciones propuestas por el Consejo, que permiten superar los techos fijados, como, por ejemplo, en el caso de las instalaciones quequeman lignito nacional. Sin embargo, no salió adelante una enmienda que pretendía eliminar la exención que permitirá a España autorizar nuevas centrales eléctricas de una potencia térmica igual o superior a 500 Megavatios que utilicen combustibles sólidos, nacionales o de importación.