El siniestro tuvo lugar hacia las siete menos veinte de la mañana, cuando dos unidades de los trenes de cercanías, pertenecientes a Eusko Trenbideak (Ferrocarriles vascos), chocaron frontalmente.

Los trenessiniestrados, conocidos tradicionalmente como "topos", cubrían el trayecto entre San Sebastián y la frontera de Irún.

Según fuentes de Eusko Trenbideak, al parecer el choque, que no fue muy violento, se produjo por una mala interpretación de las órdenes del jefe de estación al maquinista de la unidad que se dirigía hacia Rentería, al salir éste de la estación de Loyola en el momento en que otra unidad entraba en la estación proveniente de Rentería.

De las ocho personas heridas únicamente una ha qedado ingresada en la Residencia Nuestra Señora de Aránzazu de San Sebastián, ya que debe ser intervenida quirúrgicamente por fractura en el tabique nasal. El resto de los heridos fueron dados de alta, ya que sus heridas no presentaban gravedad.

Todos ellos sufrían contusiones y rasguños en diversas zonas de sus cuerpos, debido al brusco frenazo de las unidades siniestradas.