El Gobierno acordó en 1996 trasladar el museo a la capital castellano-manchega con el propósito de instalar en esa ciudad la muestr permanente más importante de Historia militar, al tiempo que se facilita la expansión del Museo del Prado.

El nuevo Museo del Ejército será inaugurado oficialmente en 2004. Actualmente se realizan las reformas arquitectónicas que concluirán el próximo septiembre y que permitirán disponer de 15.000 metros cuadrados, 9.000 de ellos de muestra permanente.

El Instituto de Historia y Cultura Militar, junto con los ministerios de Defensa y Educación, es el encargado de que en el traslado de las obras o se produzcan deterioros ni pérdidas.