Los hechos ocurrieron a las 1,55 de la madrugada, cuando un camión que transportaba una carga de cemento rebasó un paso a nivel con barreras cerrado, en las cercanías de la estación de Burgos, lo que provocó que chocara contra el tren Sud-Expreso que realizaba el recorrido entre Irún/Hendaya-Lisboa-Oporto.

El tren transportaba 360 viajeros, de lo cuales 15 fueron reconocidos en el Hospital General Yagüe de Burgos y dados de alta posteriormente, excepto tres personas que a primeras horas de esta mañana todavía continuaban en observación con pronóstico reservado. El maquinista del tren también resultó herido de pronóstico grave.

A partir de las 8 de esta mañana, tras concluir las maniobras para retirar el tren del lugar, los viajeros siguieron su viaje hacia sus lugares de destino en once autobuses.