Los programas de rehabilitación postconflicto en Angola, la sequía en la zona fronteriza entre Kenia, tiopía y Somalia y la crisis en la región de los Grandes Lagos acapararon la mayor parte de los recursos económicos de Médicos Sin Fronteras.

De cada 100 pesetas gestionadas por Médicos Sin fronteras en 1996, 81 fueron directamente a proyectos en el terreno, 10 a financiar proyectos de sensibilización, a divulgación y captación de fondos, publicaciones, material educativo para escuelas y campañas publicitarias y 9 pesetas se destinaron a gastos administrativos y de gestión.

En cuanto a la distribción de los ingresos, más de la mitad (52%) corresponden a fondos privados, es decir, a donativos de los más de 100.000 socios y colaboradores con los que cuenta la organización. Estos ingresos han aumentado un 12% respecto al año anterior.

El resto de los ingresos proviene de los convenios de cofinanciación con instituciones públicas, principalmente la Unión Europea (UE) y las distintas administraciones públicas españolas (Secretaría de Estado para Cooperación, gobiernos autónomos, ayuntamientos y otas instituciones).