Además, incumple el convenio colectivo único de la Administración del Estado, "actuando impositivamente en aspectos como impago de plenes, aplicación de guardias médicas, no reconocimiento de trabajo en domingos, horas extraordinarias, o aumento de funciones en todas las categoras".

Los representantes sindicales afirman que la dirección les niega sistemáticamente derechos sindicales fundamentales, como la celebración de asambleas informativas, además de impedir el ejercicio de información de los representantes laborales.

Estos hechos ya han sido denunciado ante el Defensor del Pueblo, la Agencia Nacional de Protección de Datos, la Inspección de Trabajo, además de en la dirección del centro y de la Subdirección General de Personal Civil del Ministerio de Defensa.