Por líneas, destaca la C-5, tanto desde Atocha hasta Fuenlabrada (99,4%) como desde Atocha a Móstoles (99,4%). Esta línea, la que más volumen de viajeros transporta en toda España, tiene frecuencias de cinco minutos entre trenes en hora punta, con lo que se acerca bastante al porcentaje óptimo de puntualidad. Lo mismo ocurrió con la línea C-4 (Atocha-Parla).

La línea C-9 (Cercedilla-Cotos) alcanzó un índice de puntualidad del 98,3%, mientras que en la C-8 (Atocha-Villalba-El Esorial- Cercedilla) se alcanzó un 86,6%, debido a que en el tramo Villalba- Cercedilla sólo se dispone de vía única.

La línea C-1 (Vicálvaro-Tres Cantos) obtuvo un porcentaje del 96,8%, mientras en las unidades que cubrieron el trayecto Alcalá de Henares-Príncipe Pío (C-7) un 93% de los trenes llegaron a sus destinos en los horarios previstos.

Entre Atocha y Guadalajara (C-2) un 87,7% de los trenes de cercanías que circularon por este corredor fueron puntuales, y los usuarios de la C-3 disfrutaronde un índice de puntualidad del 95,5%.