Según informa la CAM, este organismo es un instrumento de apoyo en materia de intervención en materia de salud pública, vigilancia epidemiológica, diseño de programas de intervención, gestión de laboratorios de salud pública, salud laboral, formación de personal sanitario e investigación científica .

El decreto establece que el instituto contará con una drección (el director general), que asumirá la gestión del ente, y con un Consejo de Administración, órgano cuya composición ya fue definida el 17 de enero de 2002.

En cuanto al régimen económico-financiero, el organismo se someterá al régimen de la contabilidad pública y sus presupuestos formarán parte del presupuesto de la Comunidad de Madrid, aunque contando con tesorería propia.

Además contará con un órgano interno de asesoramiento técnico para la formulación de sus programas y actividades, elConsejo Científico Asesor, del que formarán parte expertos de reconocido prestigio en el campo de la salud pública.