Tras la concesión del indulto, los magistrados del Supremo encargados del "caso Liaño" dieron por cumplida la pena de quince años de inhabilitación, pero se negaron a reingresarle en la carrera judicial de manea inmediata, por considerar que al Gobierno no le compete tomar esta decisión. El Ejecutivo respondió iniciando el contencioso que ahora debe resolver el Tribunal de Conflictos.