Tras recordar las penas a las que fue conenado, el real decreto indica: "Vengo en indultar a don Francisco Javier Gómez de Liaño y Botella la pena de inhabilitación especial, con todas sus consecuencias, lo que supone el reintegro a la carrera judicial, manteniéndose, sin embargo, la incapacidad para desempeñar cargo en la Audiencia Nacional o en cualquier juzgado de la misma, durante el plazo de veinticinco años desde la publicación del presente real decreto, a condición de que no vuelva a cometer delito doloso durante el tiempo de normal cumpliiento de la condena".

Según se recuerda en el real decreto, Gómez de Liaño fue condenado, como autor de un delito continuado de prevaricación, a la pena de multa de 18 meses, a razón de mil pesetas diarias, e inhabilitación especial para empleo o cargo público por el tiempo de 15 años.