Los eurodiputados han criticado el contenido de la propuesta, incorporando doscientas enmiendas al texto de la Comisión. Este enfrentamiento entre Comisión y Parlamento podría retrasar la creación de la Autoridad Alimentaria, una de las prioridades de la actual Presidencia ueca.

En una de sus enmiendas, los eurodiputados han añadido la palabra "seguridad" a la denominación de la Autoridad, alegando que este es el principal objetivo perseguido. Así, la futura Agencia debería denominarse Autoridad Europea de la Seguridad Alimentaria (AESA).

La comisión parlamentaria tampoco está de acuerdo con el Ejecutivo comunitario sobre el papel de esta Autoridad, en cuestiones que afectan a la evaluación y gestión de riesgos, a la transparencia, a la composición del consejo de aministración, a la financiación de la AESA y a la fijación de su sede. Según los eurodiputados, los miembros del consejo de administración no deberían ser más de doce, de los que dos deberán proceder de la industria alimentaria y otros dos representar a los consumidores.

Por otro lado, varios eurodiputados no están de acuerdo con la distinción propuesta por la Comisión para la evaluación, la notificación y la gestión del riesgo, y alegan que la evaluación del riesgo debe formar parte de las tareas de a AESA, mientras que la gestión del riesgo compete a la Comisión.