Los primeros casos de tifus fueron localizados entre los refugiados que se encuentran en la ciudad de Travnik, situada a ochenta kilómtros de Sarajevo, aunque la Organización Mundial de la Salud también descubrió en la ciudad de Jajce evidencias de la presencia de tifus entre la población.

Para prevenir el contagio de estas enfermedades, antes de partir hacia la antigua Yugoslavia todos los soldados de la "Agrupación Málaga" recibieron preparación médica y fueron vacunados contra el tifus, la hepatitis, el tétanos y la poliomielitis.

También fueron adiestrados específicamente en socorrismo y llevan un manual con normas higiénic-sanitarias para personal militar en misiones especiales, que contiene información sobre supervivencia y preparación de agua y alimentos.

Además, cada miembro de la misión española fue sometido a un reconocimiento médico y cuenta entre su equipo con un botiquín individual con medicamentos básicos.

Entre sus efectivos, la "Agrupación Málaga" cuenta con unidades del Equipo Médico Avanzado del Ejército de Tierra (EMAT) del Hospital Militar de Sevilla, que, además de material médico, como las uvi-móvles blindadas, dispone entre su personal de un oficial veterinario y un equipo de desinfección.

Este equipo es el encargado de asegurar la salubridad de los asentamientos en los que se instalan las tropas españolas, así como del control del agua y de los alimentos que consumen, para evitar que sean vehículos de transmisión de infecciones.