El IIM es líder en Galicia en presentación y ejecución de proyectos en el ámbito europeo. Con nueve proyectos incluidos en el V Programa Marco de la UE y once comprendidos en el IV, el instituto ha realizado investigaciones sobre la pesca, moluscos, oceanología, ecobiomar, química de productos marinos o larvaria.

Con 23 personas que integran su plantilla, el instituto lleva a cabo, a su vez, 18 proyectos financiados por la Comisión Inerministerial de Ciencia y Tecnología del MCT español. Los trabajos se centran en el análisis de productos pesqueros, patologías de las enfermedades virales de los peces y técnicas de análisis del ADN.