El apartado que provocó una mayor controversia fue el que atribuye la dirección y gestión de la Ayuda Oficial al Desarrollo (AOD) al Ministerio de Asuntos Exteriores, en detrimento del Ministerio de Economía y Hacienda.

Aunque el PP introdujo una enmienda en el Senado que quitaba la dirección de la AOD a Exteriores, el pleno del Congreso de los Diputados rechazó esta modificación, al quedar solos los populares frente a socialitas y nacionalistas.

De esta forma, la nueva ley delega en el Ministerio de Exteriores no sólo la responsabilidad de las políticas de cooperación, sino su dirección y gestión.

Según el diputado del PP Pablo Izquierdo, está fórmula puede acarrear en el futuro problemas de interpretación jurídica, al argumentar que la dirección de la política exterior compete al Gobierno, no a un ministerio determinado.

Sin embargo, Luis Recoder, de CiU, mantiene que el real decreto de agosto de 1996 que regul la estructura orgánica básica del Ministerio de Asuntos Exteriores atribuye a Exteriores la dirección y ejecución de la política exterior, por lo que está convencido de que la nueva Ley de Cooperación no contraviene los preceptos constitucionales.

Respecto a los créditos FAD (Fondo de Ayuda al Desarrollo), la ley otorga la gestión a los ministerios que los promuevan, fundamentalmente los de Economía y Asuntos Exteriores, situación que no gusta a las ONGs de cooperación, que ven en los FAD un mecanism de ayuda que da prioridad a los criterios mercantilistas sobre los de desarrollo.