Durante el desarrollo del programa se generarán dos bases con datos completamente independienes: una con el ADN de los restos no identificados y otra con el ADN de los familiares que voluntariamente hayan donado una muestra biológica para ser analizada.

Para lograr las identificaciones, los datos obtenidos del ADN de un hueso determinado se compararán automáticamente con los datos existentes en ese momento de todos los familiares, verificando la existencia de similitudes que puedan permitir la identificación con seguridad absoluta o aportar datos definitivos para el proceso.

Teniendo en uenta la complejidad de la tarea a desarrollar, se estima que ambas bases de datos se completarán a lo largo del año 2001, momento en el que se podrá garantizar la identificación de todos los restos humanos cuyos familiares hayan cedido voluntariamente una muestra biológica.

Todas las personas interesadas que sean familiares directos o que genéticamente puedan compartir ADN de interés en la identificación humana, y que voluntariamente quieran donar una muestra biológica para su análisis, podrán colaboar con el programa "Fénix".

Los criterios de selección y aceptación dependerán de la relación familiar que se tenga con la persona desaparecida y el número total de familiares, siendo requisito indispensable para participar en el programa que la desaparición fuese denunciada en su momento ante las autoridades judiciales o policiales.