El proyecto de ley fija, en primer lugar, los puntos de conexión que delimitan el ejercicio de las competencias por parte de los rganos de la comunidades autónomas que se establezcan para el efecto y por los de la Administración General del Estado. El criterio de asignación es el ámbito de afectación de la conducta en cuestión.

En segundo lugar, se establece un procedimiento para la resolución de los posibles conflictos de competencias que se susciten, "intentando buscar un sistema claro que contemple todas las posibilidades y garantice una tramitación rápida de los expedientes". Este procedimiento se fundamenta en la recíprocanotificación de las conductas detectadas o denunciadas entre los los órganos autonómicos y estatales.

En caso de que no hubiese acuerdo, se va a crear una Junta Consultiva en materia de conflictos, con el fin de ser árbitro y emitir dictámenes no vinculantes sobre los posibles conflictos de jurisdicción que surjan.

Por último, el proyecto contempla los mecanismos de coordinación para el nuevo sistema, como la creación de un Consejo de Defensa de la Competencia, para aplicar la legislación de comptencia y en el que participan representantes de la Administración General del Estado y de las comunidades autónomas con competencia en la materia.