El Gobierno vasco insiste en que Villar le calumnió al realizar unas manifestaciones públicas con las justificó la ocultación de datos sobre ETA al Ejecutivo de Euskadi. El delegado del Gobierno en Euskadi argumentó entonces qe el equipo de Juan José Ibarretxe estaba apoyado por grupos vinculados a la banda terrorista.

Por su parte, la Fiscalía de la Audiencia Nacional defendió que, cuando Villar manifestó en su día que "hay datos que no se pueden dar a un Gobierno que colabora con los asesinos que perseguimos", no calumnió al Gobierno vasco, puesto que se trata de unas declaraciones hechas dentro de la confrontación política de un país en democracia.

El Ejecutivo de Euskadi presentó dos querellas contra Villar, una pr calumnias y otra por prevaricación, pero fueron archivadas por el juez Ruiz Polanco, quien consdiera que el mencionado delegado de Gobierno no cometió delito alguno.

En el auto recurrido, Ruiz Polanco sostiene que no hay dato alguno "de mínima enjundia que permita afirmar que el querellado haya ocultado información o haya eludido o se haya negado a darla al Gobierno vasco o a su Policía en el marco de la colaboración en la lucha antiterrorista". Con este argumento, el juez descartó que Villar haya cmetido el delito de prevaricación del que se le acusaba.

Para el magistrado, de las palabras de Villar "únicamente puede extraerse su desconfianza [...] en el hecho de que el Gobierno Vasco es firmante del Pacto de Estella, pero en modo alguno que se haya producido un solo caso de elusión de información".

En cuanto al delito de calumnias, el titular del juzgado central de instrucción número 1 de la Audiencia Nacional sostiene que las manifestaciones públicas de Villar "se integran en la esfera de debate político".