Villar señaló en un medio de comunicación lo siguiente: "Nos es difícil compartir ciertos datos, aunque deberíamos hacerlo, con un Gobierno (el vasco) que colabora con los asesinos a los que persegumos".

Por estas afirmaciones el Ejecutivo vasco se ha querellado por prevaricación contra Villar porque con esas declaraciones "se deduce que el señor Villar reconoce que el Ministerio del Interior, intencionada e interesadamente oculta información incautada a comandos de ETA al Departamento de Interior del Gobierno vasco, al que, según el ordenamiento jurídico vigente, compete la resposabilidad de garantizar la seguridad de las personas en Euskadi".

Este comportamiento, a juicio del demandane, "entra dentro de la comisión de un presunto delito de prevaricación perseguible por la vía penal, además de constituir un flagrante incumplimiento del acuerdo estatutario". Esta querella se presentó en un juzgado de instrucción de Vitoria, por ser la jurisdicción en la que está ubicada la Delegación del Gobierno.

La segunda querella se presentó en un juzgado de instrucción de Madrid. En esta demanda se acusa a Villar por un presunto delito de calumnia cuando afirmó que el Gobierno vasco "colaboracon asesinos".

Según el Ejecutivo vasco, tal acusación es "manifiestamente incierta e injustificable". Esta querella se presentó en Madrid porque fue el lugar en donde Villar hizo esas afirmaciones en un medio de comunicación.