La directiva obliga a todos los gobiernos comunitarios a adoptar las medidas necesarias para garantizar que las aguas residuales son tratadas correctamente antes de su vertido.

Los municipios con más de 15.000 habitantes deberán depurar sus aguas antes del 1 de enero del año 2001, los que tengan entre 2.000 y 15.000 habitantes deberán hacerlo antes del 1 de enero del 2006 y los que cuenten con más de 10.000 y viertan en una zona clasificada como "ensible" tendrán que depurar sus aguas antes del 1 de enero de 1999.

En España, corresponde a las comunidades autónomas aplicar esta legislación, que obliga a las administraciones públicas a elaborar un programa de aplicación y realizar un seguimiento del grado de cumplimiento.