La actual sede del museo, el edificio del Salón de Reinos en Madrid, formará parte de la ampliación del Museo del Prado. El contrato para la nueva sede está dividido en dos fases: una correspondientela rehabilitación y adaptación del Edificio Histórico del Alcázar para su uso museístico, en ejecución en la actualidad, y otra relativa a la construcción de un nuevo edificio bajo la Plaza de Armas de la fachada norte del Edificio Histórico.

Tanto la rehabilitación del edificio histórico como la construcción de la nueva sede conformarán un único conjunto arquitectónico, totalmente interrelacionado en las plantas sótano y semisótano.