Ahora, el Pleno de la Sala de lo Penal del Tribuna Supremo deberá decidir cómo ejecuta la sentencia confirmada por el Constitucional y por la que el Alto Tribunal impuso, el 29 de julio de 1998, penas de entre 2 y 10 años de cárcel a un total de 12 personas.

Los condenados son, además de Barrionuevo y Vera, el ex gobernador civil de Vizcaya Julián Sancristóbal, el ex responsable de la Lucha Antiterrorista Francisco Alvarez, el ex jefe superior de Policía de Bilbao Miguel Planchuelo, el ex socialista Ricardo Damborenea, y los ex policías Francisco Sai Oceja, Julio Hierro, Luis Hens, José Ramón Corujo, Michel Domínguez y José Amedo. Este fue el único que no recurrió en amparo la sentencia del Tribunal Supremo.

En diciembre de 1998, el Gobierno de José María Aznar decidió otorgar el indulto parcial a todos los condenados del "caso Marey", excepto a los ex policías José Amedo y Michel Domínguez, castigados por el Tribunal Supremo con 9 años y medios de prisión el primero y con dos años, cuatro meses y un día de cárcel el segundo.

Así, la medida e gracia otorgada por el Gobierno hizo que José Barrionuevo, Rafael Vera y Julián Sancristóbal, condenados a 10 años de prisión cada uno, vieran reducida su pena a tres años y cuatro meses meses.

Los nueve años y seis meses con que fueron castigados Francisco Alvarez y Miguel Planchuelo quedaron reducidos a tres años y dos meses. Tras el indulto, Ricardo García Damborenea se vió en la obligación de hacer frente a 2 años y cuatro meses de prisión, en lugar de a los 7 años de cárcel que le impuso el Triunal Supremo.

Por su parte, los policías Julio Hierro y Francisco Sáiz Oceja fueron condenados a 5 años y medios, reducidos tras el indulto a un años y diez meses. Por su parte, Luis Hens y Juan Ramón Corujo fueron castigados cada uno de ellos con cinco años de prisión, transformados tras el indulto en un año y ocho meses de cárcel.