Atutxa, en declaraciones a Radio Euskadi, dijo que nunca se ha fiado de personajes como José Amedo, por lo que no concede ninguna credibilidad a sus últimas afirmaciones, en las que implica a dos empresarios vascos en la trama de los GAL. Atutxa no cree que empresarios vascos hayan estado involucrados en este tema.

Por otra parte, el consejero vasco de Interior afirmó que la Ertzaintza ejecutará la orden del juez Baltasar Garzón tan prono como la reciba, en la que exige la entrega del comunicado original de la coalición Herri Batasuna tras el asesinato de Francisco Tomás y Valiente.

Para Juan María Atutxa, esta decisión es necesaria porque en nombre de la libertad de expresión se ocultan en numerosas ocasiones actividades relacionadas con la violencia.