El Tribunal de Cuentas denuncia que Fomento "no cumplió con su obligación" de remitirle copia certificada de todos los contratos solicitados. También que se dictaron prórrogas de obras en muchos casos por "una inadecuada coordinación en el cuplimiento de los trámites legales" y que se tramitaron expedientes de forma urgente sin contar con la declaración de urgencia "debidamente motivada".

Según Blanco, "desde la época a la que se refiere el informe del Tribunal de Cuentas, años 1999-2001, el Ministerio de Fomento ha introducido reiteradas mejoras en sus procedimientos de contratación para agilizar los plazos de ejecución de las obras públicas, mejorar la calidad de los proyectos, y en consecuencia, disminuir el número de modificados durane la ejecución de las obras".

En la legislatura 2000-2004 todas las declaraciones de emergencia han sido convenientemente motivadas y justificadas, según Fomento.

Blanco apuntó que el ministerio utiliza desde el año 2000 nuevos pliegos de cláusulas administrativas para la contratación, que cuentan con el informe favorable, "sin observaciones de ningún tipo", del Servicio Jurídico del Estado.