No obstante, el Consejo de Ministros Europeos y la Comisión de Transporte del Parlamento difieren en varios aspectos esenciales. Mientras que el Consejo pide sanciones adecuadas a la contaminación, la comisión de Transporte reitera su exigencia de regular esta contaminación con normas comunitarias y que se impongan sanciones "incluso de carácter penal, a los responsables de descargas ilegales" (enmienda 6).

Asimismo, mientras que el Consejo define como "infracciones" las descargas intencionadas, con imprudencia temeraria o negligencia grave, los eurodiputados cambian en una enmienda este término por "delitos", y para los casos más graves según la legislación internacional, "penas de privación de libertad" (enmienda 12).

Por otra parte, los eurodiputados quieren reforzar la Agencia Europea de Seguridad Marítima (EMSA) y crear un servicio europeo común de guardacostas.