España había solicitado la extradición de Rufino Arriaga por tres causas, entre las que se encuentra el asesinato del ex presidente del Tribunal Constitucional y catedrático de Historia del Derecho Francisco Tomás y Valiente, ocurrido el 14 de febrero de 1996.

Sin embargo, Francia sólo ha concedido la extradición por la causa por la que el juez de la Audiencia Nacional Baltasar Garzón procesó a Rufino Arriaga por pertenencia a organizaión terrorista, tenencia de explosivos y armas.

Garzón procesó a Rufino Arriaga y a otras cuatro personas más en relación al piso franco que el "comando Madrid" de ETA utilizó en la calle Doctor Fleming entre el uno de octubre de 1995 y abril de 1996. En el registro, la policía encontró abundante documentación, explosivos y elementos electrónicos.

Según la investigación de Garzón, Rufino Arriaga fue la persona que confeccionó el contrato de alquiler y pagaba las mensualidades del mismo.

Rufio Arriaga fue detenido el 10 de noviembre de 1997 en la localidad francesa de Orleans, junto con Idoia Martínez García, María Jesús Arriaga Urriabarrena y Javier González Irastorza.