España habíasolicitado la extradición de Arriaga por tres causas, entre las figura el asesinato del ex presidente del Tribunal Constitucional y catedrático de Historia del Derecho Francisco Tomás y Valiente, cometido el 14 de febrero de 1996.

Sin embargo, Francia sólo ha concedido la extradición por la causa por la que el juez de la Audiencia Nacional Baltasar Garzón procesó a Rufino Arriaga: pertenencia a organización terrorista, tenencia de explosivos y armas.

Garzón procesó a Arriaga y a otras cuatro persnas más en relación con el piso franco que el "comando Madrid" de ETA utilizó en la calle Doctor Fleming de la capital entre octubre de 1995 y abril de 1996. En el registro, la policía encontró abundante documentación, explosivos y elementos electrónicos.

Según la investigación de Garzón, Rufino Arriaga fue la persona que confeccionó el contrato de alquiler y pagaba las mensualidades del mismo. Arriaga fue detenido el 10 de noviembre de 1997 en la localidad francesa de Orleans, junto con Idoia Martíne García, María Jesús Arriaga y Javier González Irastorza.