En una de las causas, la fiscalía acusa a la etarra de ser membro del 'comando Txalaparta', que actuaba en Vizcaya. Según el fiscal, el 21 de octubre de 1991, Múgika, junto con otros dos etarras, planearon asesinar al presunto traficante de drogas Miguel Angel Garzón, alias 'Zanahoria', mediante la colocación de un artefacto explosivo en su vehículo.

Para ello, Múgika y los etarras Oscar Abad y José Ramón Martínez comenzaron a preparar los explosivos en el piso que compartían en Bilbao, pero cuando estaban manipulando los artefactos resultó herido Abad y muert un tercer terrorista, Francisco Javier Goitia.

Durante el registro que se efectuó entonces en el piso, las fuerzas de seguridad se incautaron de más de 80 kilos de explosivos, rifles, pistolas y matrículas de coche falsas, entre otras cosas. Por estos hechos, Nagore Múgika fue procesada por pertenencia a banda armada, tentativa de asesinato y tenencia de explosivos y armas.

En la otra causa, el fiscal señala que Múgika y el etarra Daniel Derguy, ambos miembros de dicho comando y que se encontrabn en Francia, recibieron órdenes de la dirección de ETA para viajar a España y perpetrar atentados mediante la colocación de explosivos en las vías férreas e instalaciones turísticas de la costa mediterránea.

Para ello, en mayo de 1993 Berguy alquiló una autocaravana en Toulouse (Francia) y viajó a España junto con la etarra cargados de material explosivo.

El 26 de julio de ese mismo año, las fuerzas de seguridad hallaron la autocaravana en Castelldelfels (Barcelona), descubriendo en su interior ás de 24 kilos de explosivos en perfecto estado para ser utilizados, mapas ferroviarios, notas sobre horarios de trenes e informaciones manuscritas hechas por Nagore Múgika, que fue procesada por asociación ilícita y tenencia de explosivos.